為加快實施創新驅動發展戰略，國務院已出臺了促進科技成果轉化法及若干規定，明確可提取不低于50%的科技成果轉化收入用于獎勵科技成果的實際完成人，各地方政府亦據此制定了相應的鼓勵政策。但在實際執行過程中，由于對橫向課題（包括成果轉讓和技術服務）經費的使用沒有單獨的規定，目前基本采用跟縱向課題（國撥資金）一樣的管理辦法，對經費使用管得很緊，基本不能用于項目研究相關以外的開支，因此即使已經有了科技成果收益分配比例的相關規定，但由于沒有明確的橫向課題經費使用細則，審計部門對經費使用查得又比較嚴，加上又出現過科技人員創業被查的事件，使得科技人員心有余悸，不敢支配和使用這些經費，造成科技人員事實上尚無法真正享受到科技成果轉化收益，傷害了科技人員的成果轉化積極性，阻礙了科技成果產業化的進程。

為此，建議國家對縱向課題和橫向課題分開管理，不能用縱向課題經費使用辦法管理橫向課題經費，應該出臺區別于縱向國撥經費的更加靈活的橫向科研經費使用管理辦法和細則。橫向課題的經費使用國家只做指導，由單位自行決定，讓科技成果的實際完成人能夠名正言順的獲取科技創新的收益，真正鼓勵科研人員大膽創新、成果轉化，推動科技與經濟的緊密結合，促進國家和地方的科技創新和經濟發展。