關于中藥靈芝到底是從什么時候開始為人類所用這一問題，科學界一直有所爭議，就是因為只有文字和圖像記錄而缺乏“實物”證明。如今，通過本草考古終于有了“物證”。

　　黃璐琦團隊從浙江3個新石器時期遺址中發現了5份疑似史前靈芝樣本，經過考古分析，認為約6800年前，先民們已經開始采集并利用靈芝，從而將靈芝使用的歷史從原來認為的上古神農時期向前推進了約2000年。

　　本草考古還可以對古代文獻中記載的藥物去偽存真、正本清源。如對民間認為很神秘且富有藥用價值的“太歲”，黃璐琦帶領團隊，通過本草考古研究，并利用掃描電子顯微鏡、質譜等現代技術，對古今“太歲”進行了探索分析。

　　研究表明，古籍中記載的“太歲”是一種具有肉樣特征的生命體。而當前市面上流通的“太歲”疑似物，出土地址難以確定，且形狀差異較大。對比古籍中的描述，難以發現其共同特征。而且，當前收集的市售“太歲”疑似物主要組成成分為聚乙烯醇，并未發現有細胞存在。因此大致判斷古代“太歲”與現代“太歲”疑似物不是同一物。